Проверьте документ на скрытые символы

Пробел нулевой ширины, мягкий перенос, соединитель нулевой ширины. Ставятся между букв внутри слов. Ширины у них нет, поэтому слово выглядит обычным — но для программы это уже другое слово, и совпадение с источником не находится.

Русские а, е, о, р, с, х, у и заглавные А, В, Е, К, М, Н, О, Р, С, Т, Х имеют латинских двойников, которые пишутся точно так же. Заменили пару букв в слове — и слово перестало совпадать с базой, хотя читается по-прежнему.

Абзацы чужого текста с пометкой «скрытый» или белым шрифтом на белом фоне. На экране их нет, но в файле они лежат целиком — и учитываются при разборе документа.

Текст кеглем в один-два пункта. Формально виден, фактически неразличим — тонкая серая полоска, которую принимают за дефект вёрстки.

Вкладка «Главная» → значок ¶ («Отобразить все знаки»). Скрытый текст появится с пунктирным подчёркиванием. Дальше выделяете его и в свойствах шрифта снимаете галочку «скрытый».

Значок ¶ здесь не поможет. Выделите весь документ и перекрасьте текст в чёрный — спрятанное проявится. Минус в том, что заодно собьётся ваше собственное оформление цветом.

Средствами Word не находятся: у них нет изображения, поиск по ним не работает, в режиме знаков они тоже не отображаются. Нужен разбор файла программой.

Тоже не найти глазами: латинская «а» и русская «а» выглядят одинаково. Автозамена не спасает — она заменит и настоящие английские слова, термины и обозначения в формулах.